Pemisahan antara Gereja Timur dan Barat
Setelah perkembangan yang pesat itu, gereja menjadi lembaga yang resmi dan kuat, muncullah masalah-masalah menyangkut organisasi kepemimpinan dan ajaran. Karena hal itu, maka terjadilah pemisahan antara gereja-gereja di Timur dan di Barat. Terjadilah yang disebut Gereja Orthodoks Timur, yang berpusat di Konstantinopel/Turki sekarang dan Gereja Katolik Roma, yang berpusat di Roma. Pemisahan ini terjadi sekitar tahun 600-an dan secara resmi dan nyata pada tahun 1200.
Setelah perkembangan yang pesat itu, gereja menjadi lembaga yang resmi dan kuat, muncullah masalah-masalah menyangkut organisasi kepemimpinan dan ajaran. Karena hal itu, maka terjadilah pemisahan antara gereja-gereja di Timur dan di Barat. Terjadilah yang disebut Gereja Orthodoks Timur, yang berpusat di Konstantinopel/Turki sekarang dan Gereja Katolik Roma, yang berpusat di Roma. Pemisahan ini terjadi sekitar tahun 600-an dan secara resmi dan nyata pada tahun 1200. Perbedaan antara kedua gereja itu adalah: Gereja Orthodoks Timur masih berpegang pada system Episkopal, yaitu kepemimpinan para uskup, dengan pemimpin (dalam fungsi koordinasi). Pada saat itu pemimpinnya adalah uskup atau Patriakh Konstantinopel. Posisi uskup ini hanya sebagai posisi kehormatan, dan tidak memiliki kekuasaan yang menentukan. Sedangkan Gereja Katolik Roma, kekuasaan tertinggi ada pada Sri Paus di Roma, yang memiliki kekuasaan yang menentukan di dalam kehidupan gereja dan Paus menjadi atasan bagi para uskup lain.
Mengenai ajaran, GOT menekankan kehidupan yang kekal atau tentang kefanaan dan ketidak-fanaan. Sedangkan GKR menekankan bagaimana manusia menjadi benar atau soal dosa dan rahmat. Dalam kehidupan bermasyarakat, GOT menekankan sikap kasih dan kerendahan hati. sedangkan GKR menekankan tindakan/perbuatan. (End, 81-82).
Perkembangan GOT meluas dari daerah Asia Kecil ke arah Eropa Timur, yaitu sebagian wilayah Rusia. Namun, mulai abad ke-7, GOT mulai menghadapi penghambatan dan bahkan akhirnya harus tunduk di bawah kekuasaan Islam. Daerah-daerah yang dulunya memiliki jumlah orang Kristen yang banyak/mayoritas, lalu dikuasai deleh Islam dan bahkan menjadi daerah Islam. Itu terjadi di daerah Asia Kecil (Turkey sekarang) dan daerah-daerah Balkan (atau daerah bagian selatan bekas Uni Sovyet, seperti Khazakstan, Uzbekistan, dsb), serta sebagian daerah-daerah Eropah Timur. Sekarang ini, yang termasuk GOT adalah Gereja Orthodoks Yunani, Syria, dan Rusia.
Di pihak lain, Gereja Katholik Roma berkembang pesat ke daerah Eropah Barat, seperti Italia, Spanyol, Portugis, Prancis, Jerman, Belanda, Belgia, Inggris, dan negara-negara di Eropah Utara, yaitu Swedia, Denmark dan Finlandia. Sejak abad ke-7 sampai abad ke-16, atau disebut sebagai abad pertengahan, Gereja Katholik Roma berkembang dengan sangat pesat. Agama Kristen menjadi agama resmi dan kekuasaan para uskup, khususnya Paus, di Roma menjadi sangat menentukan. Bahkan raja-raja pun tunduk pada kekuasaan Paus.
Agama Kristen menjadi suatu lembaga yang sangat kuat, yang dengan kekuatan dan kekuasaan itu dapat memaksa rakyat untuk melaksanakan ajaran dan praktek yang diterapkan gereja, dan bahkan juga dapat memerintahkan raja-raja untuk mendukung dan melaksanakan kebijakan gereja.
Muncullnya Gereja Protestan
Sejak perkembangannya GKR menjadi sangat kuat di Eropa. Paus memiliki kekuasaan yang luar biasa. Ajaran-ajaran gereja dimutlakkan, termasuk ajaran tentang api penyucian dan penghapusan siksa. Ajaran tentang api penyucian adalah bahwa setelah orang mati dan sebelum orang masuk pengadilan Tuhan, ia harus melalui api penyucian. Jika ia berdosa maka ia akan terbakar, tetapi jika tidak maka dapat melewati api penyucian tersebut. GKR kemudian mengajarkan bahwa supaya dapat selamat dari api penyucian orang harus bertobat dan menyucikan diri.
Muncullnya Gereja Protestan
Sejak perkembangannya GKR menjadi sangat kuat di Eropa. Paus memiliki kekuasaan yang luar biasa. Ajaran-ajaran gereja dimutlakkan, termasuk ajaran tentang api penyucian dan penghapusan siksa. Ajaran tentang api penyucian adalah bahwa setelah orang mati dan sebelum orang masuk pengadilan Tuhan, ia harus melalui api penyucian. Jika ia berdosa maka ia akan terbakar, tetapi jika tidak maka dapat melewati api penyucian tersebut. GKR kemudian mengajarkan bahwa supaya dapat selamat dari api penyucian orang harus bertobat dan menyucikan diri.
Buktinya adalah harus memiliki surat penghapusan siksa. Di dalam praktek, surat ini diperjual-belikan. Martin Luther sebagai seorang biarawan dan guru besar di univ. Wittenberg, bidang Kitab Suci, melihat hal ini sebagai sesuatu yang tidak benar. Untuk itu, pada tgl 31 Oktober 1517, ia menerbitkan 95 dalil, dalam bahasa Latin, yang menentang ajaran GKR yang tidak benar itu. Dia menempelkan 95 dalil tersebut di pintu gerbang gereja di Wittenberg, kemudian diterjemahkan oleh murid-muridnya dalam bahasa Jerman.
Banyak orang membaca dalil tersebut dan menyetujui pendapat Luther. Hal ini menimbulkan protes terhadap GKR. Protes ini menjadi gerakan umum melawan GKR dan disebut sebagai gerakan Protestan. Gerakan ini menghasilkan bermunculannya gereja-gereja Protestan. Sedangkan Gereja Anglikan muncul di Inggris karena Raja Inggris tidak menginginkan kewibawaanya sebagai raja harus ditundukkan oleh kekuasaan Paus sebagai pemimpin agama Katolik.